Facultad de Ciencias Naturales y Exactas
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Examinando Facultad de Ciencias Naturales y Exactas por Materia "Acoplamiento molecular"
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Publicación Acceso abierto Actividad biológica de complejos lantánidos con ligandos N,O-quelato derivados de bencimidazoles(Universidad del Valle, 2022) Aragón Muriel, Alberto; Polo Cerón, DorianLos bencimidazoles se consideran una clase prometedora de compuestos heterocíclicos bioactivos que muestran una amplia variedad de propiedades biológicas útiles debido a sus similitudes estructurales con bases nitrogenadas como las purinas. Cuando estos compuestos presentan grupos aminofenil como sustituyentes en el anillo imidazol, es posible obtener bases de Schiff que resultan adecuadas para mejorar en gran medida el efecto en su actividad biológica y farmacológica. Además de su importancia biológica, estos compuestos forman complejos estables con varios metales de transición, entre ellos, los lantánidos, que también han logrado demostrar un gran número de propiedades biológicas en diferentes estudios. Esta estabilidad aumenta cuando el ligando orgánico presenta más de un punto de coordinación al metal, lo cual es común en compuestos heterocíclicos con sistemas N,N-quelato, N,S-quelato o N,O-quelato. Con el interés de desarrollar nuevos complejos metálicos con potencial actividad biológica, y considerando la posible aplicación terapéutica de complejos lantánidos con ligandos N,Oquelato basados en 2-arilbencimidazoles, esta investigación describe la síntesis y caracterización de complejos lantánidos (La3+, Ce3+, Sm3+) que contienen ligandos tipo aminofenil-bencimidazol y bases de Schiff obtenidas a partir de salicilaldehído y 2,4- dihidroxibenzaldehído. La actividad antiproliferativa de los compuestos fue estudiada sobre células U251 (glioblastoma humano), PC-3 (cáncer de próstata), K562 (leucemia mielógena), HCT-15 (carcinoma colorrectal), MCF-7 (adenocarcinoma epitelial de mama) y células SKLU-1 (carcinoma de pulmón) empleando sulforodamina B (SRB) en un ensayo de microcultivo. La evaluación antibacteriana se realizó frente a las cepas ATCC de S. aureus, L. monocytogenes, P. aeruginosa y E. coli, por el método de microdilución, mientras que la actividad antiparasitaria se llevó a cabo por métodos fluorométricos y MTT frente a P. falciparum, L. braziliensis y T. cruzi. La actividad biológica fue complementada con estudios adicionales de interacción de los compuestos químicos con diferentes objetivos moleculares que incluyen modelos de membrana bacteriana, ADN de timo de ternera, docking molecular con los receptores PBP2A (S. aureus), Cruzaina, Leishmanina y Alfa-tubulina, así como la dinámica molecular para los sistemas de membrana DMPC-DMPG / POPE-POPG, y para la interacción con la superficie de Leishmanina. Los resultados muestran que los complejos lantánidos presentados en este trabajo son generalmente más activos con relación a sus ligandos libres, confirmando un efecto sinérgico, mientras que los estudios de interacción con diferentes objetivos moleculares indican que existe una clara relación estructura-actividad.Publicación Acceso abierto Reposicionamiento in silico y diseño estructural de nuevas moléculas para el tratamiento de la esquizofrenia(Universidad de Valle, 2020) Vasquez Paz, Bryan David; Mejía Gutierrez, Melissa Andrea; Fierro Pérez, LeonardoSe realizó un estudio de reposicionamiento in silico utilizando diferentes herramientas computacionales: Acoplamiento Molecular y Modelado del Farmacóforo. Se realizó acoplamiento molecular con tres dianas ampliamente estudiadas en el diseño de fármacos contra la Esquizofrenia, los receptores de dopamina: D2, D3 y D4. Se calculó la afinidad de setenta y siete fármacos que en estudios previos fueron reportados como prototipos a reposicionamiento para la esquizofrenia y se determinó que los fármacos que presentaron mayor acoplamiento y estabilidad a las dianas fueron: el Raloxifeno, la Linagliptina y la Flunarizina. Se analizaron las interacciones involucradas en el acoplamiento, donde se destacaron interacciones de tipo hidrofóbico. A partir de los resultados obtenidos se diseñaron cuatro nuevas subestructuras (R-06, L-09, R-52 y F-10), que presentaron mayor estabilidad. Las nuevas subestructuras tienen un radar de biodisponibilidad en los rangos aceptados para ser prototipos a fármacos. Finalmente, se propuso una síntesis química para las nuevas moléculas.Publicación Acceso abierto Síntesis y determinación estructural por difracción de rayos X de monocristal de fenilnitrobenzamidas, estudio supramolecular de frecuencias vibracionales y acople molecular con proteínas de Leishmania(Universidad de Valle, 2015) Melo García, Diana Vanessa; Moreno-Fuquen, RodolfoSe sintetizaron tres fenilbenzamidas cristalinas: ácido 4-(3-nitrobenzamida) benzoico (4CPB3N), N-(4-nitrofenil)-3nitrobenzamida (4NPB3N) y N-(4-metoxi)-3-nitrobenzamida (4MPB3N) derivadas del ácido p-aminobenzoico, la p-anisidina y la 4-nitroanilina respectivamente, la primera vía esteres (a partir de 3-nitrobenzoato de picrilo) y las otras vía ácidos (ácido 3nitrobenzoico). Para el primer y tercer sistema el solvente de re cristalización fue el acetonitrilo y para el segundo, el etanol. El sistema 4CPB3N cristalizó en el sistema triclínico y 4MPB3N y 4NPB3N en el monoclínico, los grupos espaciales fueron centrosimétricos para los tres casos, ̅ ⁄ y ⁄ , respectivamente. El fragmento central amídico tuvo un comportamiento planar definido y no presento diferencias significativas en las distancias de enlace o ángulos de torsión, sin embargo el ángulo dihedral entre este y los planos de los anillos bencénicos fue similar para 4CPB3N y 4MPB3N y mucho menor para 4NPB3N debido a la presencia del enlace de hidrógeno N1H1…O1 en los dos primeros, donde a su vez el empaquetamiento cristalino rompe su planaridad. En los tres sistemas las interacciones predominantes son las O…H, H…H y C…H las cuales fueron analizadas utilizando las superficies de Hirshfeld y sus correspondientes huellas dactilares. El sistema 4NPB3N presento además interacciones π-π interplanares entre los anillos bencénicos, las cuales fueron identificadas en el análisis de las superficies, debido a la presencia de interacciones C…C significativas en su huella dactilar. Se compararon las frecuencias vibracionales experimentales y teóricas (calculadas por DFT) observándose un aumento en las vibraciones de tensión teóricas de los enlaces N-H del grupo amino y C=O del grupo carbonilo, debido a la presencia del enlace de hidrógeno N1-H1…O1 en 4CPB3N y 4MPB3N y las interacciones C4-H4…O1 y N1-H1…O5 en 4NPB3N. Finalmente se realizaron análisis de docking molecular contra una base de estructuras proteicas de Leishmania, obteniéndose como mejor valor de energía de afinidad -10 KJ/mol para los tres sistemas.