Examinando por Materia "Diversidad genética"
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Publicación Acceso abierto Análisis molecular de hongos antagonistas aislados de plantaciones de cacao (Theobroma cacao) de Norte de Santander.(Universidad del Valle, 2021-05-18) López Barrera, German LucianoLas técnicas de biología molecular se han utilizado con el fin de obtener marcadores genéticos especie específicos, encontrar diferencias polimórficas y proporcionar la información necesaria para la identificación de secuencias nucleotídicas relacionadas con factores de patogenicidad en especies relacionadas con el control biológico. En la actualidad el control biológico se considera indispensable en las estrategias de agricultura sostenible con base agroecológica en los cultivos interés creciente en Colombia como el cacao (Theobroma cacao L.). Analizar molecularmente diferentes cepas de hongos antagonistas con potencial biotecnológico con el fin de dilucidar similitudes genómicas y la búsqueda de fragmentos de ADN relacionados con factores de patogenicidad. Se estandarizó la técnica de RAPDs, mediante el uso de 10 iniciadores, así mismo se amplificó el gen pr1 mediante la técnica de PCR usando 6 pares de iniciadores. Se logró una clasificación inicial de la población de hongos antagonistas y así mismo se demostró la diversidad de los aislados. Además, se logró amplificar tres genes de las cepas Beauveria bassiana, Trichoderma yunnanense y Purpureocillium lilacinus, que resultaron codificar para una familia de proteasas destinadas a ejercer actividad antagonista contra un amplio rango de hospederos. Se pudo inferir que las cepas en estudio son buenos candidatos iniciales para formulación de biopreparados destinados al control biológico de organismos plaga en cultivos de interés agrícola en la región, debido a que se encontraron rasgos y genes que permitirán ejercer una amplia acción antagónica.Publicación Acceso abierto Asociación de la diversidad genética en gatos domésticos con el grado de antigüedad en barrios - Cali(Universidad del Valle, 2024) Uribe Quintero, Diana Isabel; Cardenas Henao, Heiber; Viafara Vega, Ronald AndrésLos marcadores genéticos del pelaje son ampliamente utilizados para caracterizar distintas poblaciones de gatos domésticos en todo el mundo, ya que tanto la identificación de los marcadores como el acceso a estos animales se da con gran facilidad. El objetivo en este estudio fue caracterizar las poblaciones de Felis catus, por medio de genes asociados al pelaje, en diferentes barrios de Cali, Colombia, siguiendo un gradiente de antigüedad de los mismos. Los barrios se clasificaron como nuevos, intermedios o antiguos, dependiendo del año en que éstos empezaron a habitarse. Se realizaron recorridos en tres barrios de cada categoría, realizando descripciones y registros fotográficos de gatos callejeros y caseros, y recolectando datos del sexo, la edad y si estaban esterilizados. A partir de los datos recolectados se determinó la presencia y ausencia de genes que codifican caracteres fenotípicos, y se calcularon las frecuencias alélicas, la heterocigosidad esperada y el índice de diferenciación de Wright (FST). La distribución de las frecuencias de los alelos del gen Tabby, el cual codifica para el patrón del pelaje, parece estar relacionada con el tiempo transcurrido desde que se empezaron a habitar los barrios. La frecuencia del alelo t+ es mayor a medida que aumenta la antigüedad de los barrios. Otros alelos en los que se detectaron diferencias significativas en la distribución por antigüedad fueron B y L, responsables de la melanina de color negro y el pelo corto, respectivamente, aunque su distribución no sigue estrictamente un gradiente de antigüedad, los barrios intermedios y nuevos muestran diferencias con los antiguos.Publicación Acceso abierto Diversidad genética de peces del Santuario de Fauna y Flora Malpelo, con énfasis en las especies endémicas.(Universidad del Valle, 2019-06-12) Tavera, Jose; Rojas Vélez, Stephania; Grupo de investigación Ecología de Arrecifes Coralinos; Sistemática, Evolución y Biogeografía Animal (SEyBA)Las especies endémicas son especialmente vulnerables a las perturbaciones y se sitúan en mayor riesgo de extirpación local que las especies con distribuciones más extendidas. Esto es debido a factores (evolutivos, oceanográficos, biológicos, ecológicos y genéticos) que operan a diferentes escalas espacio/temporales, conviertendo a estas especies en una oportunidad única para estudiar y comprender el origen o mantenimiento de la vida en el planeta. El presente trabajo analizó el estado de la diversidad genética de los peces endémicos (Axoclinus rubinoffi, Acanthemblemaria stephensi, Halichoeres malpelo y Chriolepis lepidota) del Santuario de Fauna y Flora Isla Malpelo. Se colectaron alrededor de la isla, un total de 30 individuos por cada una de las especies, para realizar la amplificación de la región mitocondrial control (D-loop). Posteriormente, se calculó el número de haplotipos (Hn), la diversidad haplotípica (Hd) y la diversidad nucleotídica (π). Se realizaron redes de haplotipos y se compararon los indicadores de diversidad genética con especies estrechamente relacionadas. La especie que presentó mayor diversidad haplotípica fue H. malpelo, seguida por A. rubinoffi, A. stephensi y en último lugar, C. lepidota. Todas las especies endémicas presentaron valores de diversidad haplotípica y nucleotídica menores con respecto a especies cercanas que han sido evaluadas en otras investigaciones, usando la región control mitocondrial. Esto puede deberse a tamaños efectivos reducidos, o a rasgos en la historia de vida que limitan la capacidad de dispersión, dos factores que influyen considerablemente en los niveles de diversidad genética de las especies.Publicación Acceso abierto Diversidad genética en poblaciones humanas de dos regiones colombianas.(2012-12-06) Rondón, Fernando; Osorio, Julio César; Peña, Ángela Viviana; Garcés, Héctor Andrés; Barreto Rodríguez, GuillermoIntroducción: Estudios preliminares han mostrado la existencia de relaciones genéticas entre las poblaciones humanas del sur-occidente y las de la región andina colombiana, teniendo esto implicaciones en el grado de miscegenación de estas comunidades. No obstante el reconocimiento de este amplio proceso de mestizaje, no se tiene suficiente información que permita establecer la estructura y el grado de diversidad genética para cada región en particular y de la población colombiana en general. Objetivo: Determinar la estructura y diversidad genética presente en grupos poblacionales del centro y sur-occidente colombiano. Metodología: Se analizaron las frecuencias alélicas de 12 sistemas de microsatélites autosómicos y el tipo y frecuencia de RFLP’s de mtDNA presentes en 472 individuos de tres grupos étnicos: mestizos, indígenas y afroamericanos. Resultados: La caracterización de haplotipos de mtDNA en individuos afrodescendientes presentó 15% de marcadores típicos amerindios y 43% de africanos. El análisis de la diversidad genética mostró un índice de 0.72 en individuos Pijaos, valor cercano al índice de diversidad de la población mestiza de Cali (0.75). El análisis molecular de varianza (AMOVA) a partir de los 12 STR’s, mostró que la estructuración genética no es significativa (FST de 0.032); adicionalmente se evidenció alta endogamia en la muestra mestiza de Caldas (0.43) y en la muestra indígena Coyaima (0.34). Conclusiones: Con los marcadores moleculares estudiados se estableció la estructura genética de poblaciones del suroccidente colombiano confirmándose adicionalmente el grado de miscegenación y el flujo genético ocurrido entre diferentes grupos étnicos del centro y sur-occidente colombiano. Introduction: Preliminary studies have showed close relations among southwest human populations and Andean region leaving it consequences in ethnic admixe process. However, this wide process of racial admixture today it is not exist sufficient information to define structure and genetic diversity for each region and Colombian population in general. Objectives: The principal goal from this study was to determinate the genetic structure and diversity present into human populations from Andean and Southwest Colombia regions. Methods:This study was realized by characterization allelic frequencies of 12 autosomal STR’s and six RFLP’s of mtDNA presents in 472 individuals from three ethnics groups: Caucasoids, Afroamericans and Amerindians. Results: mtDNA haplotypes presents in Afrodescends sample was 15% and 43% typical Amerindian and African markers respectively; the genetics diversity analysis shows a value of 0.72 in Pijao indigenous, these values are close to diversity index of mestizos from Cali (0.75). AMOVA of allelic frequencies from 12 STR’s shows that genetic structures don’t was significatively different (FST de 0.032); in addition it’s to exhibit high endogamy in mestizos from Caldas sample (0.43) and Coyaima indigenous (0.34). Conclusions: was established genetic structure for southwest Colombian population. Additionally, the results confirm the mixing process and the genetics flow among many populations groups from Andean and southwest Colombia regions.Publicación Acceso abierto Epidemiology of nosocomial bacteria resistant to antimicrobials.(2011-11-10) Cabrera, Cristina E.; Gómez, Romel F.; Zuñiga, Andrés E.; Corral, Raúl H.; López, Bertha; Chávez, MónicaNosocomial infections are a major challenge for public health because of the high rates of morbidity and mortality generated. It was considered that the excessive or inappropriate use of antibiotics triggers the emergence of resistant strains. Among the clinically important bacteria that most commonly cause nososcomial infections, Gram positive multiresistant pathogens stand out such as methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and vancomycin-resistant Enterococcus spp (VRE), and the Gram negative strains of Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Pseudomonas spp. and Acinetobacter baumannii producing expanded spectrum β-lactamases (ESβL). This review describes the behavior of the main bacterial pathogens resistant to antibiotics that cause infections in Europe, United States, and Latin America, emphasizing studies of molecular epidemiology on a global scale, including the major epidemiological studies in Colombia. The genetic structure of S. aureus and Enterococcus spp strains shows a clonal characteristic favored by the predominance of a small number of clones with the capacity to spread globally, due probably to cross-infection. However, the introduction of MRSA strains from the community encourages genetic diversity, tending to establish a genetic polyclonal endemic structure in places like the United States. In Gram negative bacteria, the high genetic diversity among isolates, mainly in Latin American countries, indicates that the polyclonal spread is influenced by horizontal transfer of plasmids, by excessive exposure to antibiotics, and prolonged hospital stays. In Colombia, there is information on nosocomial resistant pathogens, but molecular epidemiological information is still scarce. Las infecciones nosocomiales constituyen un gran desafío para la salud pública por las altas tasas de morbilidad y mortalidad que generan. Se ha considerado que el uso inapropiado o excesivo de antibióticos desencadena la aparición de cepas resistentes. Entre las bacterias de importancia clínica que con mayor frecuencia causan infecciones nososcomiales, se destacan los patógenos Gram positivos multiresistentes como Staphylococcus aureus con resistencia a meticilina (SARM) y Enterococcus spp. resistentes a vancomicina (ERV). En los Gram negativos, hay resistencia sobre todo con las cepas de Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Pseudomonas spp. y Acinetobacter baumannii productoras de β-lactamasas de espectro extendido (BLEEs, en inglés: ESβL expanded spectrum β-lactamases). Esta revisión tiene como finalidad realizar una decripción del estado de la resistencia bacteriana a los antibióticos en los principales patógenos que causan infecciones nosocomiales en países de Europa, Estados Unidos y de Latinoamérica, destacando los estudios de epidemiología molecular a escala global e incluyendo los principales estudios epidemiológicos realizados en Colombia. La estructura genética de las cepas de Staphylococus aureus y Enterococcus spp. evidencia una característica clonal favorecida por el predominio de un número pequeño de clones con capacidad de diseminarse en forma global, debida probablemente a infecciones cruzadas. Sin embargo, la introducción de cepas SARM desde la comunidad está favoreciendo la diversidad genética, tendiendo a establecerse una estructura genética policlonal en lugares endémicos como los Estados Unidos. En las bacterias Gram negativas, se destaca una alta diversidad genética entre los aislados, sobre todo en países de Latinoamérica, indicando que la diseminación sigue una estructura genética policlonal, influida por la transferencia horizontal de plasmidos, por la excesiva exposición a antibióticos y una estancia hospitalaria prolongada. En Colombia se dispone de información sobre los patógenos nosocomiales resistentes, pero la información epidemiológica molecular aún es escasa.Publicación Acceso abierto Genómica de poblaciones colombianas: ancestralidad y adaptación(Universidad de Valle, 2016) Valderrama Aguirre, Augusto Elías; Jordán, KingEl término "intercambio colombino" se refiere a la transferencia masiva de vida entre la los hemisferios afro-euro-asiático y americano que fue precipitada por la llegada de Cristobal Colón al denominado nuevo mundo. Aunque se ha aceptado como una oportunidad para la creación de nuevos genomas humanos, que han sido moldeados por una rápida evolución adaptativa, el efecto de este intercambio en los genomas humanos actuales de los colombianos no ha sido explorado en toda su extensión. El objetivo de esta tesis de doctorado es conocer cuál es el efecto del intercambio colombino en la configuración actual de ancestralidad de los genomas de los colombianos y que implicaciones podría tener en la adaptación al medio de las poblaciones actuales. La hipótesis es que el proceso de evolución del genoma humano, estimulado por el intercambio colombino, se basó en un fenómeno de introgresión selectiva parcial de haplotipos a partir de poblaciones ancestrales, muchos de las cuales tenían utilidades adaptativas pre-evolucionadas. Metodología: Con base en datos denominados como de alcance genómico (genome widei se realizaron análisis comparativos de genomas de poblaciones ancestrales putativas con genomas de poblaciones mestizadas modernas. Se analizaron dos poblaciones humanas de Colombia, una proveniente de la ciudad de Medellín (eurodescendiente) y otra de la ciudad de Quibdó (afrodescendiente). Adicionalmente, se le realizó un análisis de enriquecimiento ancestral a los genomas de Medellín, con el cuál se identificaron loci con contribuciones ancestrales, a los cuales se les realizó un análisis funcional. Se determinó la variabilidad genética y los haplotipos de genoma uniparentales, mtADN (línea materna) y Y-DNA (línea paterna). Resultados: Se encontraron haplotipos con ancestralidades específicas que existen en frecuencias más altas en las poblaciones mestizadas de lo que se puede esperar por casualidad, un fenómeno muy similar a la introgresión. Los genomas colombianos de Medellín mostraron que su componente principal de ascendencia es europeo, seguido de nativo americano y africano. Algunos genes y cascadas de reacciones relacionadas con el funcionamiento del sistema inmune adaptativo e innato estaban particularmente sobrerrepresentadas entre los segmentos con ancestralidad enriquecida; así como genes implicados en la adaptación al medio como aquellos relacionados con la pigmentación de la piel (SCL4A5) y glándulas cutáneas (EDAR). La población del Chocó también mostró una mezcla genética triple pero predominantemente africana con contribuciones europeas y nativas americanas. En ambas poblaciones se encontró un exceso de ancestralidad europea en el linaje paterno y, por el contrario, un exceso de nativo americano en el linaje materno. Conclusiones: El mestizaje genético de los colombianos es el de mayor extensión en los países de Latinoamérica. El mestizaje genético específico de sexo demuestra claramente que el linaje paterno europeo fue dominante en la población analizada. Se demostró que algunos loci poseen patrones de ancestralidad específica y que han sido retenidos de forma diferencial en la población colombiana moderna en función de su utilidad en el entorno del llamado Nuevo Mundo. Los resultados sugieren que la población del Chocó posee una profunda diversidad genética humana. Finalmente, los hallazgos permiten subrayar la importancia del papel de la introgresión como fuente de alelos de adaptación y como motor de cambio evolutivo; además, pone de relieve el papel del mestizaje como facilitador de la rápida evolución humana.Publicación Acceso abierto Identificación de microsatélites polimórficos por ampliación cruzada en anadara similes (mollusca: Arcidae) [recurso electrónico](2015-02-11) Gil Saavedra, Julián AndrésLos microsatélites son marcadores moleculares usados con frecuencia en estudios de genética de poblaciones, aunque su desarrollo es un proceso costoso y prolongado. Un método que permite ahorrar tiempo y dinero es la amplificación cruzada, que consiste en amplificar el ADN de una especie determinada (especie objetivo) utilizando cebadores diseñados para una especie cercana (especie fuente). Usando este método se evaluó en Anadara similis el contenido informativo de 24 loci microsatélites, desarrollados en Anadara tuberculosa. Para ello, se estandarizó la extracción de ADN de A. similis y se probaron diferentes protocolos de amplificación en PCR. Los resultados fueron observados en geles de poliacrilamida, analizados con el software UVIpro versión 12.4 y GenAlEx 6.5. Cinco cebadores resultaron adecuados para amplificar consistentemente microsatélites polimórficos en A. similis. Los loci polimórficos mostraron un promedio de 22,8 alelos por locus, una heterocigosidad esperada (He) entre 0,855 y 0,964, una heterocigosidad observada (Ho) entre 0,346 y 0,800. Solo se encontró un locus en Equilibrio Hardy-Weinberg (EHW). Estos resultados muestran la utilidad de la amplificación cruzada con estos cebadores para futuros estudios de genética poblacional en esta especie.