Examinando por Materia "Variación genética"

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    PublicaciónAcceso abierto
    Diversity and genetic structure analysis of three Amazonian Amerindian populations from Colombia.
    (2012-11-23) Braga, Yamid; Arias B., Leonardo; Barreto Rodríguez, Guillermo
    Introducción: En los departamentos del Vaupés y el Guaviare, al Suroriente de Colombia, en un área transicional entre la Amazonía y los Llanos Orientales, habitan pueblos indígenas de las familias lingüísticas Tucano (Oriental) y Guahibo. Se han hecho estudios sobre la cultura y la cosmología de dichos grupos, pero poco se ha investigado sobre su diversidad biológica y sus relaciones genéticas. Objetivo: Estimar la diversidad, la estructura y las relaciones genéticas de dos poblaciones Tucano Oriental y un grupo Guayabero (Guahibo) de la Amazonía colombiana. Metodología: Se recolectaron muestras de 106 individuos no emparentados, pertenecientes a comunidades indígenas del Vaupés y el Guaviare. Se tipificaron nueve microsatélites autosómicos. Se estimó la heterocigosidad, la diversidad génica, FST y FST pareados entre grupos. Se realizó una prueba de estructura espacial y se construyó un árbol de distancias genéticas con otras poblaciones indígenas amazónicas, Andinas y centroamericanas. Resultados: La diversidad genética se encuentra en el rango estándar de otras poblaciones amazónicas, pero es más baja que en población mestiza y afrodescendiente de Colombia. Los Tucano Oriental del Vaupés y el Guaviare conforman una unidad genética que se diferencia significativamente de los Guayaberos. Los grupos Tucano están más cerca genéticamente de las poblaciones amazónicas brasileras que de los Guayabero. Conclusión: Los resultados de este estudio sugieren que los Guayaberos en el Guaviare, están diferenciados genéticamente de los grupos Tucano del Vaupés y de los Tucano del Refugio en el Guaviare. Introduction: In the departments of the Vaupés and Guaviare, in southeastern Colombia, in a transitional area between Amazonia and the eastern plains, inhabit indigenous groups belonging to the Tukanoan (East) and Guahiban linguistic families. Although some studies have dealt with the culture and the cosmology description of these groups, little research has been done on the biological diversity and genetic relationships of such groups. Objective: To estimate the diversity, the structure, and the genetic relationships of one Guahiban and two Tukanoan groups of the Colombian Amazonian region. Methods: Samples were collected (n = 106) from unrelated individuals belonging to the Vaupés native indigenous communities. The DNA was extracted and nine autosomal microsatellites were typed. Several measures of diversity, FST, pairwise FST, and population differentiation between groups were calculated. Finally, it was estimated the genetic distances of the groups studied in relation with other Amazonian, Andean and Central American indigenous people. Results: 1. The genetic diversity found stands within the range of other Amazonian populations, whereas compared to the mestizo and afro-descendant Colombian populations, such diversity showed to be lower. 2. The structure and population differentiation tests showed two clusters; one consisting of the Vaupés Tukanoan and Guaviare Tukanoan groups, and a second one formed by the Guayabero. 3. Tukanoan groups are found to be closer related to the Brazilian Amazonian populations than to the Guayabero. Conclusion: The results of this study suggest that the Guayabero group from Guaviare, are genetically differentiated from those Tukanoan groups of the Vaupés and Guaviare.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Microagregación genética y geográfica de aislados del virus linfotrópico humano tipo I (HTLV-I) en zonas endémicas del suroccidente de Colombia.
    (2014-01-30) García Vallejo, Jesús Felipe; Chávez, Mónica; Domínguez, Martha Cecilia; Blank, Abraham
    Con el objetivo de definir el polimorfismo de patrones de restricción (RFL) para la endonucleasa de restricción DdeI, de la región del HTLV-I de los 5181 a los 6624 nucleótidos, se amplificó un segmento de 1033 bp que incluía la porción terminal 5’ del gen Pol y el dominio de superficie del gen Env (gp46) del ADN proviral de PBMC obtenido de 29 personas seropositivas para el HTLV-I provenientes de varias zonas el suroccidente de Colombia. El análisis de restricción efectuado con la endonucleasa DdeI, reveló la existencia de tres patrones de RFLPs diferentes. El patrón I (900 y 125 pb), se observó en 34.5% (10/29) de los aislados. El patrón IIa (700, 205 y 125 pb) se determinó en 51.7% (15/29). Finalmente, el patrón IIb (550, 350 y 125 pb) representó 13.8% (4/29) aislados. El microagregado IIb se observó con predominio en aislados de HTLV-I del municipio de Tumaco. Los patrones I y IIa se distribuyeron con mayor frecuencia en el interior del suroccidente. Los resultados obtenidos muestran la existencia de un mecanismo de microevolución divergente de la región pol-env en los virus de las áreas analizadas. With the aim to explore the restriction fragment length polymorphism (RFLP) to Dde I restriction enzyme, the proviral region from 5181 to 6624 nts of HTLV I was amplified by PCR. The 1033 bp fragment containing the terminal 5’ of gene pol and the surface domain of envelope gene (gp46) was amplified from PBMC proviral DNA of 29 HTLVI seropositive individuals from several areas of southwest Colombia. The restriction analysis performed with Dde I revealed the circulation of three different Dde I RFLP patterns. Pattern I (900 and 125 bp) was observed in 34.5% (10/29) of isolates. Pattern IIa (700, 205 and 125 bp) was detected in 51.7% (15/29) of individuals. Finally, pattern IIb (550, 350 and 125 bp) included only 13.8% (4/29) of samples studied. Pattern IIb was exclusively detected in Tumaco in contrast with patterns I and IIa that exhibited a tendency to be distributed in the inland areas of southwest. Taken together results showed the existence of a divergent microevolutionary mechanism operating in endemic areas for HTLV-I infection of southwest Colombia.