Remote homology detection of pr oteins using 3D models enriched with physicochemical pr operties.

Vista sencilla de ítem
dc.contributor.authorBedoya Leiva, Oscar Fernandospa
dc.contributor.authorTischer, Irene
dc.date.accessioned2020-09-14T16:17:38Z
dc.date.available2020-09-14T16:17:38Z
dc.date.issued2015-06-19
dc.description.abstract(Eng) This article introduces a new method for remote homology detection called remote-3DP. He remote 3DP method is based on both predicted 3D information and the physicochemical properties of the amino acids. The method considers only 10 structural models to represent a protein and distinguish the remote counterparts of non-remote ones in 54 SCOP families. The low dimensionality of the representation allows use different classification techniques and find out which one works best for each family. In this article, shows that by including a physicochemical property together with the 3D information in a local structural element, fact improves the accuracy of remote homology detection. The ROC score for a set of models that includes the hydropathy index reaching a score of 0. 953 for the SCOP 1.53 data set. In addition, it is proposed an assembly model that uses the outputs obtained for the 10 properties to make a consensus decision. The consensus strategy achieves a ROC score of 0.963 on the SCOP 1.53 data set, surpassing the Current methods based on sequence composition whose accuracy ranges from 0.87 to 0.92.spa
dc.description.abstract(Spa) En este artículo se presenta un nuevo método para la detección de homología remota llamado remote-3DP. El método remote 3DP se basa tanto en información 3D predicha como en las propiedades fisicoquímicas de los aminoácidos. El método considera tan sólo 10 modelos estructurales para representar una proteína y distinguir los homólogos remotos de los no remotos en 54 familias SCOP. La baja dimensionalidad de la representación permite usar diferentes técnicas de clasificación y descubrir cuál funciona mejor para cada familia. En este artículo, se muestra que al incluir una propiedad fisicoquímica junto con la información 3D en un elemento estructural local, de hecho mejora la exactitud de la detección de homología remota. El puntaje ROC para un conjunto de modelos que incluye el índice de hidropatía alcanza un puntaje de 0. 953 para el conjunto de datos SCOP 1.53. Además, se propone un modelo de ensamble que utiliza las salidas obtenidas para las 10 propiedades y así tomar una decisión consenso. La estrategia consenso alcanza un puntaje ROC de 0.963 sobre el conjunto de datos SCOP 1.53, sobrepasando los métodos actuales basados en la composición de la secuencia cuya exactitud varía de 0.87 a 0.92.spa
dc.format.mimetypeapplication/pdfspa
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/10893/17747
dc.language.isoengspa
dc.publisherUniversidad del Vallespa
dc.publisher.placeColombiaspa
dc.relation.citationendpage84spa
dc.relation.citationissueNúm. 1 (2015)spa
dc.relation.citationstartpage75spa
dc.relation.citationvolumeVol. 17 Núm. 1 (2015)spa
dc.relation.ispartofjournalRevista Ingeniería y Competitividadspa
dc.relation.ispartofseriesRevista Ingeniería y Competitividad / Vol. 17 Núm. 1 (2015);
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/closedAccessspa
dc.subject.lccClassification
dc.subject.lccRemote homology detection
dc.subject.lcc3D structural models physicochemical properties
dc.subject.lccSCOP family
dc.subject.lembClasificación
dc.subject.lembDetección de homología remota
dc.subject.lembModelos estructurales 3D propiedades fisicoquimicas
dc.subject.lembFamilia SCOP
dc.subject.proposalClasificaciónspa
dc.subject.proposalDetección de homología remotaspa
dc.subject.proposalModelos estructurales 3D propiedades fisicoquímicasspa
dc.subject.proposalFamilia SCOPspa
dc.titleRemote homology detection of pr oteins using 3D models enriched with physicochemical pr operties.spa
dc.title.translatedDetección de homología remota de proteínas usando modelos 3D enriquecidos con propiedades fisicoquímicas.
dc.typeArtículo de revistaspa
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501spa
dc.type.contentTextspa
dc.type.driverinfo:eu-repo/semantics/articlespa
dc.type.redcolhttp://purl.org/redcol/resource_type/ARTCORTspa
dc.type.versioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersionspa
dspace.entity.typePublication
oaire.accessrightshttp://purl.org/coar/access_right/c_14cbspa
oaire.versionhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85spa
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