Examinando por Materia "Proteínas"

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    Análisis sistémico de la expresión diferencial de 38 genes localizados en la región crítica del síndrome de Down (DSCR) en el cerebro humano.
    (Universidad del Valle, 2012) Fajardo Colorado, Myriam Dianora; García Vallejo, Jesús Felipe
    El presente estudio buscó correlacionar los niveles de transcripción de 38 genes localizados en la región crítica del cromosoma 21, asociada a Síndrome de Down, con la localización cerebral y su intervención en el correcto funcionamiento de diferentes subestructuras cerebrales. Para ello se construyeron los perfiles de expresión de éstos genes a lo largo de 24 subestructuras de los Núcleos Cerebrales y 18 del Lóbulo Límbico, a partir de datos de expresión génica provenientes de experimentos de microarrays de ADN, disponibles en la base de datos del proyecto cerebro humano del Atlas del Cerebro del Allen Institute for Brain Sciences. Se determinó una expresión diferencial de estos genes a lo largo de las estructuras analizadas, además de registrar mayores niveles de transcripción global en ciertas áreas del cerebro, las cuales parecen estar asociadas con diversos procesos de aprendizaje y memoria. Se correlacionó la transcripción diferencial con la localización cerebral y su potencial papel funcional.
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    Characterizing viruses mimicry mechanisms with protein-protein interactions and short linear motifs
    (Universidad del Valle, 2016) Becerra Sandoval, Andrés; Moreno Tovar, Pedro Antonio; Buchelli Guerrero, Victor A.
    Los virus son parásitos intracelulares obligados que predominan en todos los dominios de la vida. Las infecciones virales causan enfermedades y muertes a seres humanos y a organismos que sirven de alimento como plantas y ganado. Los cortos genomas virales codifican mecanismos de subversión de las células hospederas. Estos mecanismos están basados en interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero. La disminución de los costos de la secuenciación de nueva generación ha impulsado un crecimiento exponencial del número de genomas virales en las bases de datos bioinformáticas. En contraste, el costo de las técnicas experimentales para la determinación de interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero no está descendiendo a la misma velocidad. Aunque el número de interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero ha crecido en las bases de datos, todavía es bajo para analizar los mecanismos de subversión viral con enfoques de biología de sistemas. Hay una necesidad de métodos computacionales de predicción de interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero. Sin embargo, el número de estructuras 3D de proteínas virales y de hospederos es muy pequeño para realizar la predicción con métodos estructurales. La predicción de interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero ha sido realizada principalmente con clasificadores basados en aprendizaje automático. No obstante, los clasificadores desarrollados no revelan en alto nivel por qué se infirieron las interacciones y son sensitivos a la calidad del conjunto de datos de aprendizaje. Para interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero todavía no hay un conjunto de datos de validación de alta calidad. Esta tesis trata sobre la predicción de interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero mediadas por motivos lineales cortos. Estas interacciones predominan más que las interacciones dominio-dominio entre virus y hospedero; además son usadas por varios virus. La inferencia de este tipo de interacciones se sustenta en hipótesis biológicas como la conservación de los motivos y su localización en regiones proteínicas desordenadas. El resultado de ésta tesis es un método y una plataforma computacional para predecir interacciones proteína-proteína entre virus y hospederos mediadas por motivos lineales. Las interacciones candidatas obtenidas son usadas para estudiar un subsistema particular humano, las proteínas que hacen síntesis de proteínas. Sin embargo, los métodos desarrollados pueden ser usados con cualquier otro subsistema como el interferon y el de apoptosis.
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    Conformational folding status and folding levels based on global protein properties a computacional approach [recurso electrónico]
    (2019-11-05) Garreta Unigarro, Luis Ernesto; Tischer, Irene
    Proteins during the folding process undergo many events that continuously modify their structure adjusting their structural elements, and so altering their physical properties. These events are hard to observe by experimental methods, but computer simulations can generate valuable information about the conformational states by which proteins assume their native state. The information can be used to describe and understanding the folding process, hence, researchers in the protein folding use a single or a combination of physical properties to describe how a protein folds or what degree of folding it has. But their results differ, depending on the selected properties, the particular context, and the aimed generality. We hypothesize that folding can be described by a few features that determine how a protein folds and that are associated with the stages of folding it passes through on the way, from unfolded to folded and intermediates. The set of folding features is what we will refer to as folding status, and we propose here a computational method to combine a wide range of different physical structural and energetic properties to obtain a concise representation of a conformations folding features. Also, as the folding status is associated with the stages of folding, we propose a mechanism for determining the most plausible conformational stages assumed by a protein conformation or what we refer to as folding levels. Therefore, the objective of this thesis is to derive a computational definition of the folding status of a protein and the associated folding levels, based on physical properties of protein structures. We use protein folding pathways generated by the Probabilistic Roadmap Method that provides us with a set of very variable protein conformations. On these pathways, we apply a Principal Component Analysis to define Inherent Conformational Features that allow to describe a protein¿s folding status in a compact way. The obtained features summarize the individual properties of a protein conformation and associate with general folding characteristics of stability, compactness, and native-likeness. The features can be used to compare the conformations of a pathway or trajectory, or to compare the folding status of the conformations of different proteins. From the features, we derived the Inherent Conformational Feature Score, which condenses the three-dimensional feature status to a one-dimensional numeric value: the higher the score, the more folded is a protein conformation. The features allow to deduce folding levels and characterize their respective conformations in a computational way. Clustering our selected conformations, we obtain four well-defined groups that we associated with four main folding levels: unfolded, early intermediate, late intermediate and folded. These folding levels agree with experimentally observed folding states of proteins. And moreover, they reflect concisely the dynamic behavior of a pathway when we represent the folding process in terms of its dynamic transitions between folding levels. The process of evaluating the selected properties on a large set of conformations is computationally highly expensive. With the aim of offering our methods to researchers who do not dispose of a sophisticated computing system, we developed a distributed framework that runs on personal computers using a cloud service for communication. We added a toolkit for protein analysis to the framework that allows to execute all above stated tasks.
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    Detección de secuencias de metalotioneina en la especie invasora Hemidactylus brookii (Squamata: gekkonidae) en Cali
    (Universidad del Valle, 2015) Salinas Bubu, Samuel; Castaño Valencia, Rafael Santiago; Castro Herrera, Fernando
    Los metales pesados son una problemática ambiental que va en aumento, y que afecta muchas poblaciones naturales. Este incremento se debe principalmente a actividades antropogénicas. Por lo tanto, es importante definir organismos bioindicadores y mecanismos que den información sobre la salud ambiental con relación a estos contaminantes. En este estudio se pretendió detectar secuencias de la proteína metalotioneina, las cual presenta capacidad de quelar metales y además se expresa en presencia de éstos, usando como modelo de estudio el gecko Hemidactylus brookii en la ciudad de Cali.
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    Electrophoretic separation of proteins on capillary columns grafted with non-fouling, stable films prepared by controlled radical polymerization [recurso electrónico]
    (2019-10-09) Espinal Naranjo, José Humberto; Sandoval E., Junior (Director de Tesis o Trabajo de Grado)
    Proteins are complex macromolecules that are inherently active towards a variety of surfaces. The active sites of the surface can enable structural alteration and destabilization of many proteins leading to their adsorption. Capillary electrophoresis (CE) is one analytical application where the consequences of adsorption can be especially catastrophic when the protein solute becomes stuck on the capillary before reaching the detector. Chemical modification of the fused-silica capillary has been aimed at eliminating unwanted interactions between the inner wall of the capillary tube and the sample undergoing separation. The goal of this project is to provide a hydrolytically stable organic film that coats the inner-wall of the fused-silica tubes used in CE. We used a surface-confined grafting procedure based on atom transfer radical polymerization (ATRP) which was also surface-initiated from ¿-bromoisobutyryl groups. Immobilization of the initiator was achieved by hydrosilylation of allyl alcohol on hydride silica followed by esterification of the resulting propanol-bonded surface with ¿-bromoisobutyryl bromide. The modified surfaces were characterized by IR and solid-state NMR spectroscopies, atomic force microscopy, contact-angle measurements, etc. The focus of this thesis work was to quantitatively assess the extent of surface deactivation (non-fouling) upon grafting by examining the CE migration profile of several chemical probes, including proteins. Additionally, a systematic assessment of the stability of all new bonded materials was also an essential part of this work. Our results showed that the coated capillary tubes exhibit (i) a complete (100%) recovery of lysozyme; i.e., there is no adsorption of this challenging solute on the coated surface, and (ii) a high long-term hydrolytic stability under the inherently harsh conditions of capillary isoelectric focusing. As a by-product of the present work, we have come up with an improved analytical methodology to determine solute recoveries in CE.
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    Estado nutricional de niños con enfermedad renal crónica en la consulta de nefrología pediátrica del Hospital Universitario del Valle, Cali.
    (2012-11-14) Herrera, Adela Isabel; De Rovetto, Consuelo; De Castaño, Iris; Martínez, Alexander Maximiliano; Maximiliano, Alexander
    Introducción: En la edad pediátrica la enfermedad renal crónica (ERC) puede afectar el estado nutricional. Es importante evaluarla en su fase inicial y en su progresión, para favorecer o mantener el crecimiento, disminuir el grado de desnutrición, retrasar la progresión hacia la fase terminal y minimizar las consecuencias metabólicas de la uremia. Objetivos: Evaluar el estado nutricional de niños con ERC estadíos 2 a 4 mediante índices antropométricos, perfil bioquímico y encuesta dietaria por recordatorio de 3 días. Metodología: Estudio descriptivo de observaciones sobre 17 pacientes que consultaron al servicio de nefrología pediátrica del Hospital Universitario del Valle, durante el período de diciembre 2007 a marzo 2008. Resultados: Del total de niños 65% (n=11) eran de sexo masculino, con edad promedio de 6.2 años para los varones y 10.3 para las niñas. El diagnóstico nefrológico predominante fue nefropatía por reflujo en 41%. La desnutrición severa determinada a través de los índices talla/edad y peso/edad (<-2DS) estuvo presente en 30% de los casos. Según la antropometría del brazo por pliegue cutáneo del tríceps (PCT<2DS) 75% de los niños presentaron desnutrición moderada. Según los datos bioquímicos se encontró albúmina sérica disminuida (<3.5 g/dl) en 5 casos, 29% de los niños. A través de la encuesta dietaria se evidenció disminución del consumo de calorías, calcio, hierro y zinc. La ingesta de sodio estuvo por encima de lo recomendado en 150%. Conclusiones: Se pudo determinar que la evaluación nutricional temprana es básica en el manejo y tratamiento de pacientes con ERC moderada, pues se evidenciaron deficiencias nutricionales desde el comienzo de la enfermedad. Es importante el consumo de por lo menos 100% de las recomendaciones de calorías y otros nutrientes en niños con ERC para evitar el retardo en el crecimiento y otras alteraciones. Introduction: Chronic renal disease (CRD) can compromise nutritional status in children. Nutritional assessment should be performed in early stages of CRD in order to maintain growth, as well as to prevent malnutrition and to diminish progression of renal diseases and metabolic consequences of uremia. Objective: Evaluation of nutritional status of children with moderate CRD stages 2- 4 by means of anthropometry, biochemical profile and dietary survey by records of last three days. Methods: A descriptive observational study was performed to a total of 17 patients that attended to pediatric nephrology service at the Hospital Universitario del Valle, from December 2007 to March 2008. Results: Of the children 65% were males, mean age was 6.2 for males and 10.3 for females. Causes of CRD were reflux nephropathy in 41%. Malnutrition under-2 Standard Deviation for height and weight for the age was found in 30% of patients. The measurement of triceps fold, showed moderate undernourishment in 75% of the children. According to the biochemical data 5 patients (29%) had serum albumin <3.5 mg/ dl. Dietary records evidence diminution in the consumption of calories, calcium, iron, zinc. Sodium ingestion was over the recommended values. Conclusions: These results support that an early nutritional intervention, is essential in children with of CRD in early stages; nutritional deficiencies were found in early stages of disease. It is essential to consume 100% of calories and other nutrients to avoid growth deficit and other important alterations.
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    Evaluación nutricional con base en la proteína de dietas con chontaduro (Bactrisgasipaes) mediante un biomodelo usando ratas de la cepa Wistar (rattus norvegicus).
    (2013-07-11) Arango Salazar, Laura Marcela; Restrepo Osorio, Jaime
    El chontaduro es un fruto que debido a sus beneficios aparentes ha sido estudiado en países de Centro y Suramérica (propiedades y utilidades). El presente estudio busca conocer el aporte proteico que tiene el chontaduro en un grupo seleccionado de 25 biomodelos experimentales de la cepa Wistar las cuales se distribuyeron en grupos de cinco biomodelos. A cada grupo se le asignó una dieta con base en chontaduro y se varió la cantidad de este; semanalmente se pesaron los biomodelos para tomar control de su peso. Antes de iniciar el suministro de alimentos se tomaron exámenes clínicos a cada rata para evaluar los niveles de colesterol, glicemia y triglicéridos en la sangre con el fin de comprobar el efecto de la grasa contenida de cada alimento.
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    Explorando el poder de conditional random fields CRF'S en la predicción de la estructura 3D de proteínas usando alfabetos estructurales
    (Universidad del Valle, 2016) Victoria Reyes, Cristian Camilo; Tischer, Irene
    La función de las proteínas está dada por su estructura. Los métodos experimentales como cristalografía de rayos X y espectroscopia de resonancia magnética nuclear se usan para determinar la estructura de las proteínas. Estos tienen muchos problemas, son lentos, costosos y restringidos. Investigar métodos computacionales que hallen la estructura de una proteína dada su secuencia es esencial para resolver la brecha entre proteínas con estructura conocida y desconocida. La estructura global de las proteínas puede ser descrita por un conjunto de fragmentos estructurales cortos solapados, este conjunto se conoce como librería de alfabetos estructurales. Este proyecto se centra en el problema de predicción de la estructura local de las proteínas basado en su secuencia, alfabetos estructurales y características de las interacciones de los aminoácidos a largo rango. Los predictores de estructura de proteínas normalmente basan sus predicciones en información evolutiva que relaciona la secuencia con la estructura. Estos funcionan muy bien en predecir estructura para proteínas con regiones conservadas en la secuencia, pero fallan para las proteínas con poca similitud y cuando tienen interacciones largas entre sus aminoácidos. Teniendo en cuenta lo anterior, este proyecto propone desarrollar un modelo gráfico no dirigido llamado Conditional Random Field para aplicarlo al problema de predicción de estructura local utilizando funciones características que captan información de las interacciones de los aminoácidos a largo rango (relación estructura-estructura).
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    Fórmulas recomendadas para nutrición enteral domiciliaria.
    (2013-10-04) Durán Parada, Karen Lorena
    La selección de la fórmula de alimentación se basa en el tipo de acceso implantado, su localización, estado metabólico, requerimientos nutricionales y edad del paciente. Las fórmulas para nutrición enteral (NE) se comercializan en latas, botellas, polvo para reconstituir y en bolsas o contenedores rígidos. La mayoría de las fórmulas para NE suministran alimentación completa aportando macro y micronutrientes. Los carbohidratos son la fuente principal de energía en la mayoría de las fórmulas para NE. Las grasas incluidas en las fórmulas para NE son fuente de energía que puede alcanzar hasta el 55% del valor calórico total. En las fórmulas poliméricas el rango de calorías provenientes de la grasa puede ir de 15–30%. Las proteínas presentes en las fórmulas para NE actúan como fuente de nitrógeno necesario para la síntesis de proteínas estructurales, anticuerpos, enzimas, entre otras estructuras vitales. Las vitaminas y minerales se cubren generalmente al suministrarle a los pacientes entre 1000 y 1500 mL de fórmula para NE, sin embargo, en los que no se logran cubrir éstos volúmenes o su requerimiento es elevado se debe complementar el aporte de dichos nutrientes.
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    Impacto de pruebas de diagnóstico rápido sobre los patrones de prescripción de medicamentos en pacientes con sospecha clínica de dengue en una institución prestadora de servicios de salud de Cali 2012-2017 [recurso electrónico]
    (2019-10-15) Tello Cajiao, Maria Elena; Osorio, Lyda (Director de Tesis o Trabajo de Grado)
    El diagnóstico clínico del dengue es difícil debido a lo inespecífico de sus síntomas. Las pruebas de diagnóstico rápido disponibles (IgM/IgG y/o NS1) utilizan técnicas de inmunocromatografía que permiten resultados en 20 minutos; sin embargo, no son útiles para descartar la infección por su sensibilidad variable. Pese a su creciente uso en servicios asistenciales, hay insuficiente evidencia del efecto que puedan tener sobre conductas médicas como la prescripción farmacológica. Se realizó un estudio de cohorte retrospectivo con 330 sujetos que consultaron a una IPS en Cali entre enero de 2012 y diciembre de 2017, a quienes se les aplicó una prueba de diagnóstico rápido en dengue (IgM/IgG y/o NS1). Se considero como expuestos a los pacientes que tuvieron resultado positivo de la prueba rápida (n=165) y como no expuestos a los que tuvieron resultado negativo (n=165). La muestra fue seleccionada por muestreo aleatorio simple sin reemplazo. Los eventos a estudio fueron la prescripción de antibióticos y antinflamatorios. La información fue recolectada en un formulario electrónico, mediante revisión de historia clínicas. Se hizo un análisis descriptivo de la cohorte, seguido de dos análisis bivariados y multivariados, uno para el evento antibióticos y otro para antinflamatorios.
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    Necesidades de nutrientes en la alimentación del niño con cáncer.
    (2013-09-30) Araújo, Cristina; Portilla, Carlos; Velasco Benítez, Carlos Alberto
    Los niños con cáncer se ven muy comprometidos en su alimentación en cuanto al consumo de proteínas y calorías. Las proteínas deben ser consumidas en cantidades suficientes de acuerdo a lo recomendado por la nutricionista infantil en su plan de alimentación. Las necesidades calóricas del niño con cáncer dependen de la edad, el peso, el estado nutricional, la actividad, el tipo de cáncer, las complicaciones y el estado del niño, entre otros, por lo que la nutricionista infantil junto con el pediatra, indicarán cómo ofrecer estas calorías al niño.
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    Proteínas celulares cómplices de las proteínas regulatorias y accesorias del VIH-1.
    (2013-12-02) Castaño, María Eugenia; Urcuqui, Silvio
    La resistencia del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) a medicamentos antivirales ha presionado la búsqueda de métodos alternativos de terapia. En esta revisión, se presenta un análisis de los avances más recientes en el estudio de la interacción entre las proteínas regulatorias y accesorias del VIH-1 con factores celulares, sus efectos en la célula huésped y los beneficios para el virus. Se muestra cómo estas proteínas virales alteran procesos fundamentales de la célula huésped de manera muy precisa y las utilizan para aumentar la replicación viral, evadir la respuesta inmune del hospedero y causar enfermedad. The resistance of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) to antiviral drugs, has prompted a search for alternative therapy methods. This review presents an analysis of the most recent progress in the study of binding among the HIV-1 regulatory/accessory proteins and cell factors, their effects in the cell host and the benefits for the virus. Here, we discuses about how those viral proteins disturb fundamental host cell processes in a very precise way, how the virus uses its proteins to increase the viral replication, to evade the host immune response and to produce disease.
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    La saliva : componentes, función y patología.
    (2011-10-18) Echeverri, María Teresa de
    El presente articulo trata de la estructura y función de los elementos de la saliva humana, en donde se encuentran proteínas con acciones claves y electrolitos que amortiguan el pH de la saliva e impiden la disolución del esmalte. Adicionalmente se revisa lo correspondiente a hiposalivación o xerostomía, mostrándose las causas y las posibilidades de tratamientos. Finalmente, se discute la función de la saliva en el mantenimiento de la integridad de los tejidos óseos. Aproximadamente entre 700-800 ml de saliva son secretados diariamente, constituyendo una de las secreciones más abundantes del cuerpo humano. La saliva tiene una función vital en la integridad de los tejidos orales. Participa en la limpieza de la cavidad oral de residuos de alimentos y bacterias, amortigua los efectos dañinos de ácidos y bases fuertes, proporciona iones para la remineralización de los dientes, tiene poder antibacterial, antiviral y antimicótico. Además, la saliva participa en la masticación y deglución, así como en el habla. La importancia de la saliva ha sido demostrada por los efectos catastróficos que se observan en pacientes con disminución en la producción de saliva, en quienes se presenta una mayor incidencia de caries dental, problemas con la masticación, con el habla, así como un sin número de síntomas incómodos con los cuales tienen que vivir.(AU)
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    Secuencias proteicas cortas y sus estructuras secundarias: análisis informático e inferencia biólogica
    (Universidad de Valle, 2013) Mejia Carmona, Diego Fernando; Tischer, Irene
    La vida como se conoce, no se podría concebir sin las funciones proteicas, que dependen de una estructura tridimensional particular para ser funcionales. La estructura a su vez, depende esencialmente de la secuencia de aminoácidos. Con esto, comprender la vida implica entonces comprender la forma como la secuencia proteica determina la estructura, y a su vez, la función. El conocimiento sobre estructura y función de proteínas es fundamental en las ciencias de la vida, y da origen a campos nuevos como Ingeniería de Proteínas y Nanotecnología Biológica, industrialmente prometedores. La determinación experimental de la estructura es costosa en tiempo, dinero, infraestructura y recurso humano. Con los proyectos genoma y la gran cantidad de información que éstos producen, hay una creciente brecha entre la aparición de secuencias y el conocimiento de la estructura y función proteicas. Los esfuerzos se dirigen entonces a dilucidar computacionalmente la estructura y función proteicas, desde de la secuencia de sus aminoácidos. En este trabajo analizamos datos experimentales de estructuras proteicas enfocándonos en aminoácidos individuales y tripletas de ellos, y su aparición en las estructuras secundarias de las proteínas almacenadas en el Banco de Datos de Estructuras de Proteínas (PDB). A partir de las frecuencias de aminoácidos y tripletas, y de su aparición en estructuras secundarias, se dedujo información en términos de la composición de aminoácidos, estructura secundaria de diferentes grupos de proteínas, su estabilidad estructural y su tendencia a adquirir ó no, otra estructura secundaria, con lo que se identifican combinaciones de residuos que le confieren particularidades estructurales a una proteína, para ser usadas en el rediseño de proteínas. Por otro lado, se reconstruyeron computacionalmente, Proteínas Morfogenéticas de Hueso (BMPs) y enzimas Beta-Lactamasas ancestrales, que luego se resucitaron en el laboratorio. Las Beta-Lactamasas ancestrales se caracterizaron en términos de su actividad enzimática y estabilidad térmica, encontrando que las enzimas reconstruidas presentan mayor promiscuidad de sustrato y mayor termoestabilidad, que sus equivalentes actuales. Las BMPs ancestrales recosntruidas muestran hasta el momento, mayor actividad en la regeneración ósea en cultivo y en huesos de animales pequeños, y se perfilan como candidatas para su uso en cirugías ortopédicas y maxilofaciales.